Как бы то ни было, с первых же дней пребывания в руанской тюрьме двусмысленность положения Жанны становится очевидной: Пьер Кошон намеревается обвинить ее в ереси и, следовательно, подвергнуть суду церкви. Во время суда следовало бы ее заключить в церковную тюрьму, в которую в те времена помещали женщин, обвиняемых в ереси, и в которой сторожами были женщины, а условия – относительно мягкими. Однако на протяжении всего процесса с Жанной постоянно обращаются как с военнопленной: она в оковах и сторожат ее солдаты. С согласия герцога Бедфорда епископ Бове прибегнул к уловке, дабы придать всему вид законности: сделано три ключа от двери темницы, один из них для Генри Бофора, кардинала Винчестерского, находившегося в Руане во время всего процесса, а два других – для судей, то есть для самого Кошона или же для фискала, Жана д'Этивэ, и вице-инквизитора, назначенного инквизитором Франции Жаном Гравераном. Эта хитрость могла обмануть лишь того, кто хотел быть обманутым. Она была не более законна, чем запрет, сделанный Кошоном Жанне, когда та впервые явилась в суд: "Мы запрещаем вам без нашего разрешения покидать тюрьму, определенную вам в руанском замке, под страхом быть изобличенной в преступлениях ереси". Эти слова никоим образом не ввели в заблуждение пленницу, сразу же возразившую: "Я не принимаю этого запрета; если бы я бежала, никто никогда не мог бы упрекнуть меня в том, что я нарушила запрет или поступила противно моей вере". Действительно, трагедия разыграется в связи с двусмысленностью положения: военнопленная, которую намереваются осудить, или же еретичка, подозреваемая в ереси церковью.
Подспудно это обвинение дает возможность опозорить одновременно с Жанной короля Франции, обязанного ей своей короной, то есть нанести урон делу, которое она защищает. Другими словами, Жанна являет собой тип политического заключенного, того, кого преследуют потому, что он мешает и властям, и идеологическим установкам, над которыми он одержал верх; при этом изыскивается любой повод для приговора. Наш XX век дает нам достаточно примеров подобного рода, это понятно каждому.